Compte rendu du 11/03/2022
CR du 11/03/2022
Présents: R Boldos, F Desmoulin, M Dojat, N. Durieux, PA Eliat, F Franconi, D. Grenier, M. Kain, F. Kober, B. Lemasson, G. Leroux, L. Mazuel, S. Mériaux, M Naveau, V. Noblet, S Pop, E Ribot, M Santin, L Soustelle, A Trottier, C. Wary
Excusée : C. Po Absents : T Delzescaux, O. Beuf, F Auger, Yann le Fur, H Mathieu, A Traoré, F. Delmas
L’ensemble du groupe SAIN va mettre en place des Séminaires Avancés en Imagerie in vivo du Petit Animal (SAIPA).
Les SAIPAs seront constitués de trois modules soient : 1) M1: le développement de séquences avancées d’acquisition d’images, 2) M2: le prétraitement et la visualisation des images 3) M3: les méthodes d’analyse à base d’apprentissage machine.
Ces modules seront constitués d’un ensemble de séminaires en distanciel (web seminars) de 2-4h. Ils seront animés par les experts du réseau SAIN, auront lieu sur une base mensuelle. Ils seront indépendants, sans recouvrement temporel et pourront donc être suivis le cas échéant en totalité.
Le public visé est les étudiants et chercheurs impliqués dans des projets reposant sur l’imagerie petit animal et intéressés par les techniques avancées d’acquisition de traitement et d’analyse de ces images.
M1: Développement de séquences avancées d’acquisition d’image. Responsables : Emeline Ribot & Aurélien Trottier (RMSB, Bordeaux), Denis Grenier (Creatis, Lyon) + un correspondant Bruker.
M2: Prétraitement et la visualisation des images. Responsables : Benjamin Lemasson (GIN, Grenoble), Sébastien Mériaux (NeuroSpin, Saclay), Sorina Pop (Créatis Lyon).
M3: Méthodes d’analyse à base d’apprentissage machine. Responsables : Benjamin Lemasson (GIN, Grenoble), Vincent Noblet (Icube, Strabourg), Sorina Pop (Créatis Lyon).
Nous commencerons mi-Mai par le module M2. Si le public est intéressé nous poursuivrons par les autres modules à la rentrée universitaire. Dès la finalisation des objectifs, volume horaire et matériel nécessaire (ordi, soft, …) l’annonce du premier SAIPA sera réalisée via nos canaux (Laboratoires, …) et FLI. Un recensement rapide donne une estimation de 30 participants.
Les objectifs des SAIPAs sont multiple : valoriser et diffuser l’expertise des membres du groupe SAIN, former les chercheurs aux techniques avancées dans le domaine de l’imagerie in vivo du petit animal et sensibiliser les participants au partage de données et d’outils dans ce domaine (respect de la politique des 3R, open data, traçabilité des traitements). Les SAIPAs bénéficieront de l’infrastructure FLI-IAM pour la gestion des données et l’exécution des pipelines.
Le projet du PIA3 MUDI4LS (Espaces numériques mutualisés pour des données FAIR en biologie-santé) recherche des cas d’usage illustrant l’importance d’accéder à des données hétérogènes (génétiques, in vitro, in vivo) déposées sur différentes plateformes pour résoudre des questions scientifiques spécifiques. Chaque cas d’usage sera disséqué et permettra la définition (spécifications) d’un portail d’accès aux plateformes pour la recherche des données et permettre leur interopérabilité. Un cas d’usage mixant des données in vitro (par ex déposées sur Oméro) et in vivo (par ex déposées sur FLI-IAM) sur des données petit animal pourrait être proposé (à raffiner d’ici au 5/04)
- Prochaine RU: 31 Mai 2022 9h30-11h30