Compte rendu du 28/03/2023 (SFRMBM)

CR Réunion SAIN (Satellite SFRMBM 29 Mars 2023 13h30-16h30)

Introduction (Michel):

Rappel de l’historique du réseau. Projets accomplis, SAIPA, …

Points abordés:

En particulier:

Stockage / échange / mise à disposition de données

Collecte d’idées de relance du partage de données:

Intérêts communs identifiés:

• Les études sont de plus en plus souvent liées à l’obligation de rendre leurs données publiques (financeurs, journaux, …) ou du moins de décrire un plan de gestion de données.
• Eviter des acquisitions en double dans un but de réduire le nombre d’animaux
• Permettre le développement et la validation de pipelines de traitement plus facilement à l’aide de bases de données plus grandes, et ainsi réduire le temps du processing des images (segmentations manuelles par exemple)
• Disposer d’un moyen simple de stockage
• …

Outil à disposition: Michael: Shanoir. L’instance “recherche” est toujours en ligne et disponible dans un premier temps. Définir une charte de partage de données à proposer aux utilisateurs de la plateforme : Hervé Mathieu propose un draft

Projet de relance:

Constitution d’une petite base de test:

Chaque laboratoire / plateforme soumet un certain nombre d’images diverses à Shanoir (lien et “guide de démarrage” seront (re-)communiqués). Pour “encourager fortement” le dépôt dans le futur, les plateformes pourront faire signer un formulaire lors du début de chaque étude avec les modalités de partage (licenses à élaborer).

Actions à poursuivre au sein du SAIN:

→ Licenses: différents niveaux d’ouverture au choix à élaborer. Suggestion:

1. Niveau ouvert CC BY4
2. Niveau exigeant un co-authorship lors de l’utilisation
3. Niveau exigeant une permission explicite par le déposant des données

→ Basé sur ces niveaux, on construit un formulaire à faire signer par les utilisateurs

→ Endroit physique Shanoir dispo: email d’explication à envoyer a SAIN, avec un “appel à données”

→ Reitérer l’étiquetage minimal des données à fournir par le déposant

Partage de séquences:

Sébastien: Proposition d’un scan ajouté de façon standard aux protocoles de routine qui le permettent coté temps (par exemple multi-organe morphologie) Exemple avec un T1/ T2, bloc de 20 coupes, distribution entre quelques centres d’abord

Protocole à faire par Aurélien et Frank

Identification des séquences développées par les différents centres et souhaitant les partager :

Emeline relance le fichier excel

Souhait de Michel de passer l’organisation à d’autres:

Frank Kober, Denis Grenier, Aurélien Trotier, Benjamin Lemasson, Pierre-Antoine Eliat, Sabrina Doblias et Emeline Ribot volontaires pour constituer un bureau.

A projeter: